בספר "ציוני הלכה" – פסקי מרן הגרי"ש אלישיב בהלכות אבלות, שנרשמו מפיו על ידי מורינו הגאון רבי בן ציון הכהן קוק, מובא משא ומתן מרתק ממנו עולה כי מרן זצ"ל התלבט מאד בדבר אך לבסוף הכריע, כפי שמתאר הגרב"צ קוק את המשא ומתן שהיה לו עם הגריש"א בנדון זה לאורך השנים, לפנינו דבריו:
"למחרת הלווית הרבנית ע"ה [אשת הגרי"ש], ניגשתי לרבינו קודם התפילה, ושאלתיו האם לעלות לדוכן בבית האבל. השיבני רבינו בדחייה: "אה". ואכן לא עלינו לדוכן בימי השבעה. כשבאתי אחר הצהריים, שמעתי את רבינו מתחבט בנידון זה, אחד המנחמים העיר שהמנהג בירושלים לעלות. תשובת רבינו היתה: דברים בטלים. באמת אינני מבין למה לא, אין לזה מקור בהלכה, אלא שאין לשנות את המנהג, ע"כ דבריו. במשך ימי השבעה היה רבינו נבוך בזה, אולם לא הסכים לשנות מהמנהג שלא לשאת כפים בבית האבל.
כשבאתי לתפילה בשבת בבוקר, פנה רבינו ואמר לי: היום תוכל לברך ברכת כהנים. בכלל כל היסוד שאין לשאת כפים בבית האבל הוא רעוע, ולכן בשבת בודאי יש לשאת כפים.
כשבאתי לתפילה ביום השביעי לאבלות, פנה אלי רבנו והורה לברך ברכת כהנים. שאלתי: האם שונה היום השביעי משאר הימים, משום מקצת היום ככולו. תשובת רבינו: לאו דווקא, הרי ראית בימי השבעה שהתחבטתי, שאין לזה מקור בפוסקים. אלא מאחר שבגשר החיים (פרק כ סע' ה) כתב שהמנהג שלא לשאת כפים בבית האבל, נהגתי כך. איך האב מורא פון א'מנהג [אני מפחד ממנהג]. אבל אחרי שראיתי שרבי זונדל [רבי זונדל גרוסברג] כותב (ספר חזון למועד פרק טו סע' יד) שהמנהג בירושלים שהכהנים נושאים כפיהם בבית האבל, הרי שאין בזה מנהג ברור. ואם כן, אפשר לומר על המנהג שלא נושאים כפים, מנהג טעות".
ואכן כעבור כמה שנים, כאשר נפטרה בתו של הגרי"ש אלישיב, שאל הרב"צ קוק את הגרי"ש האם לעלות לדוכן בבית האבל, הגרי"ש השיב בהחלטיות: "כן, לעלות". לאחר התפילה נשאל הגרי"ש לפשר הוראתו, והסביר: "בירושלים המנהג שנושאים כפים" [בהזדמנות אחרת, כאשר ישבו שבעה בבני ברק על חתנו רבי ישראל יוסף ישראלזון, נשאל הגרי"ש האם נושאים כפים בבית האבל, והשיב: "בירושלים המנהג שכן, אבל בבני ברק אינני יודע כיצד המנהג, ולכן אין לשאת כפים". וכשחזרו ושאלוהו: "רבי חיים קנייבסקי מעיד שכשהחזון איש ישב שבעה, בא הרב מפוניבז' להתפלל שם, והחזון איש קרא לו לעלות לדוכן". ענה הגרי"ש: "אם כך, יש לעשות שם נשיאת כפים"].
נראה איפוא, כי באחרית ימיו נקט הגרי"ש אלישיב להלכה כי מנהג ירושלים [וכן בבני ברק] שהכהנים שאינם אבלים נושאים כפים בבית האבל.
