אם חיוב 'בורא נפשות' נובע משתיה, יקדים ברכת מעין שלש. אולם אם מחוייב בבורא נפשות אחר אכילת פרי או ירק, ראוי להקדים ברכת 'בורא נפשות' לברכת 'על המחיה'.
כיון שבברכת מעין שלוש מודה "על תנובת השדה" ופוטר בזה בדיעבד אף אותם הבאים מתנובת השדה (סמ"ק; הובא ברמיזה בבית יוסף רח, יג', בחיי אדם נא, ג. ובכף החיים רח, עג) "נפטרים התפוחים בברכת מעין ג' משום דהוו בכלל ועל תנובת השדה שאומר בברכת מעין ג'". ואף שבשער הציון (שם ד) דחה סברא זו, מכל מקום לכתחילה יש לחוש לשיטה זו.
אמנם אם בלאו הכי צריך לברך 'בורא נפשות' על מה שאינו בכלל "תנובת השדה" כגון ששתה כנ"ל או אחר אכילת בשר, גבינה וכדו', יקדים לברך מעין שלש.