מקורות: מרן שר התורה הגר"ח קניבסקי שליט"א תמיד הורה על פי הש"ך סימן רפ"ב שכל ספק בכבוד הספרים פוסקים לחומרא, ובפרט במקרה דידן שבגלל אלו שהיקלו נוצר ביזוי גדול לספרי קודש בזמנינו. ומה שיש מצרפים שספרים המודפסים בזמננו אין בהם קדושה, כבר ראינו מגדולי האחרונים שלא סומכים על זה להקל. וראה תשובות מפוסקי זמנינו המובאים בספרי הדל אהל יעקב הלכות כבוד הספרים.

מי שיכול להקפיד כשאוסף ספרים להניח חומש על גבי ספרים, תבוא עליו ברכה, ואם קשה לו להשגיח, המיקל בזה יש לו על מי לסמוך.

מקורות: לשון השו"ע (יו"ד רפב, יט) מותר להניח ספר תורה על ספר תורה ומניחים חומשים על גבי חומשים ונביאים וכתובים, אבל אין מניחים נביאים וכתובים על גבי חומשים ולא חומשים על גבי ספר תורה, וכתב האחרונים שדינים אלו נוהגים בוודאי אף בספרים הנדפסים, כיון דסוף סוף קדושת חומש הנדפס יתירה מקדושת הנ"ך הנדפס.

ובערוך השלחן (סעיף כ"ב) כתב שאם החומשים כתובים על גבי נייר שווה קדושתן לקדושת נביאים וכתובים, לפי שכל מעלת החומשים יותר מנביאים וכתובים הם רק כשכתובים ע"ג הקלף, ורק נחותים מס"ת כיון שכתוב כל חומש בפ"ע. מיהו הרבה מגדולי ישראל (הגרשז"א והגרי"ש אלישיב זצ"ל) פסקו דלא נתקבל החידוש של הערוך השלחן, ושומרי תורה מקפידים על זה, שלא להניח נ"ך ע"ג חומשים הנדפסים.

ולענין נידון דידן דעת הגרי"ש אלישיב זצ"ל (מובא בספר גנזי הקודש) שהאוסף הרבה ספרים כגון בבית מדרש וכדומה על מנת לסדרם במקומם, וקשה עליו להזהר להניחם בסדר הראוי יכול להקל בדבר, והעיד לבנו שהוא עצמו מקפיד אף בכה"ג.

ובשו"ת משנה הלכות חלק ב' מהדו"ת (סימן רט"ז) כתב שלא יודע מאי נפק"מ בין שעת אסיפת הספרים ללא שעת אסיפת הספרים, והאיסור הוא להניח ספרים על גבי חומשים לעולם, כיון דיש כאן בזיון, והגם דיש קצת לחלק דכאן אינו מכוין לבזיון אלא לסדר הספרים והרי לצורך תיקונם מותר ולכן ה"ה לצורך הסידור מותר, מ"מ היינו דוקא במקום שאי אפשר בענין אחר, אבל כשיש אפשרות להפריד הספרים ולסדרם כראוי אין להקל, עכ"ד.